互联网中分布着许多独立开发、结构各异的生物学数据库系统。如何实现不同数据源的整合，方便生物学家检索利用这些数据，挖掘海量数据中潜在的知识，是目前生物信息学领域的研究热点之一。起源于哲学的本体论（ontology）作为一种能够在语义和知识层次上描述信息系统的概念模型建模工具，在生物信息学领域受到广泛的关注，被认为是一种具有潜力的，能够促进数据整合研究的指导理论和方法。本文对Ontology的定义、构造Ontology的方法、常用的生物医学本体构造工具进行系统的介绍，并对当前生物医学领域中重要的本体及其应用前